Marszałek Józef Piłsudski zmarł 12 maja 1935 r. Niedługo po jego śmierci, bo 1 grudnia 1936 r. ogłoszono konkurs na sarkofag Marszałka. Termin składania projektów założono na 15 marca 1937 r. Następnie przedłużono go do dnia 30 kwietnia 1937 r. Sąd Konkursowy obradował w dniach 19 i 20 maja. Nie przyznano pierwszej nagrody, a wyróżnione projekty poddano dalszemu opracowaniu zgodnie ze wskazówkami Sądu Konkursowego. Na posiedzeniu 19 i 20 lipca 1937 r. wybrano trzy prace Jana Szczepkowskiego, Mikołaja Kułaka oraz Bazylego Wojtowicza wspólnie ze Stanisławem Repetą. Autorom zlecono wykonanie modeli w skali 11. 22 czerwca 1938 r., Sąd Konkursowy jednocześnie uznał projekt Jana Szczepkowskiego za najlepszy. Zlecono jego realizację. Szczepkowski w swoim projekcie sarkofagu nawiązywał do sarkofagu Kazimierza Jagiellończyka. Rzeźbiarz wyraźnie oddał charakterystyczne rysy fizjonomii Marszałka Józefa Piłsudskiego. Mocne brwi, głęboko osadzone oczy, wydatne wąsy z ledwie widoczną dolną wargą. Twarz wymodelowana została w sposób podkreślający dostojeństwo zmarłego i majestat samej śmierci. U stóp zmarłego, ubranego w długi, wojskowy płaszcz umieścił orła – ptaka o ważnej dla historii Polski symbolice. Szczególną rolę zmarłego umacniały dodatkowo trzymana w prawej dłoni buława oraz wieniec z liści dębu znajdujący się w okolicach głowy. Projekt pokrywy sarkofagu zrealizował w charakterystycznym dla siebie stylu, dekoratywnym, uproszczonym, zgeometryzowanym i nawiązującym do sztuki ludowej. Zwłaszcza snycerki podhalańskiej.
24 maja 1939 r. Wydział Wykonawczy powierzył Janowi Szczepkowskiemu wykonanie pracy w granicie. Po zatwierdzeniu projektu do realizacji, jej termin przesuwał się w czasie. Realizacji sarkofagu miał podjąć się zakład kamieniarski Bolesława Sypniewskiego na Powązkach. Ten sam, który wykonał płytę nagrobną na cmentarzu na Rossie Matka i Serce Syna. Dostarczono nawet blok szaro-błękitnego granitu (lub według innych źródeł czerwonego). Członkowie Komitetu wraz z Janem Szczepkowskim wybrali się osobiście do kamieniołomu na terenie dzisiejszej Ukrainy, żeby dopilnować przygotowania kamienia. Podobno zlecenie udało się ukończyć, ale we wrześniu 1939 r. gotowy sarkofag uległ zniszczeniu podczas bombardowania niemieckiego. Niestety konkretnych dowodów brak.
Losy gipsowego projektu w pierwszych latach powojennych nie są do końca znane. Z pewnością w tym czasie jego stan uległ znacznemu pogorszeniu. Przez 45 lat komunistycznych rządów nie było w Polsce warunków, żeby przedsięwziąć jakiekolwiek działania mające uchronić sarkofag przed dalszym niszczeniem.
Choć według Natalii Więcej, autorki pracy „Konserwacja i problematyka niestabilnego podłoża konstrukcyjnego projektu pokrywy sarkofagu Józefa Piłsudskiego na Wawelu autorstwa Jana Szczepkowskiego” „Istnieje prawdopodobieństwo, że podczas organizowania tymczasowego Muzeum im. Jana Szczepkowskiego w Milanówku, w roku 1978, obiekt poddano pracom odnawiającym. Możliwe jest również, że jeszcze wcześniejsze, nieudokumentowane działania naprawcze, podjęte zostały przez samego autora.”.
W 2007 roku Miasto Milanówek odkupiło od spadkobierców Jana Szczepkowskiego willę Waleria. Razem z całą spuścizną artystyczną po autorze, jaka tam się znalazła z przeznaczeniem na utworzenie Muzeum im. Jana Szczepkowskiego.
Wspomniana Natalia Więcek w latach 2015-2016 wykonała konserwację zabytku pod kierunkiem dr hab. Janusza Smazy, specjalisty od konserwacji kamienia, adiunkta w Pracowni Konserwacji i Restauracji Rzeźby Kamiennej i Elementów Architektury warszawskiej ASP (Wydział Konserwacji i Restauracji Dzieł Sztuki).